虽然高频交易听起来是最近几年才出来的新鲜事，但从技术的角度追本溯源，高频交易其实是这二十年来交易电子化发展的必然过程。美国的交易技术最近一次大变革始于1995年前后，主要是DMA (Direct Market Access，直接入市)技术的应用引起的。在没有采用DMA技术之前，当时美国证券市场的订单大都是间接送到市场中进行撮合，NYSE股票还是以手工撮合成交为主，NASDAQ股票则是将订单转给做市商（Market Maker），再由做市商决定如何成交，这直接导致市场无法真正反映大额订单或者散户的订单。1987年的“黑色星期一”事件，充分暴露出了这种“间接成交”的弊端。1987年10月19日，道琼斯指数大跌了508点，跌幅达到了22.61%，整个市场似乎都在不计成本的狂抛股票。股价大跌，订单量激增，导致了交易所系统瘫痪。事后许多人认为程序化交易（Program Trading）以及投资组合保险（PORTOFOLIO INSURANCE）是罪魁祸首。当时在市场崩盘中，众多小散户无法直接发送订单到市场，NYSE的场内做市商（Specialist）和NASDAQ的做市商又忙着处理大单子，帮助大客户，根本顾不上小客户的下单指令。散户们在这种情况下，“叫天天不应，叫地地不灵”，抱怨尤重。这次风暴过后，SEC做了许多调查，认为必须加强对散户的保护，其中的一项措施便是在NASDAQ 市场中设立小单成交系统（Small Order Entry System，简称SOES），这也是美国第一个自动成交系统。这个系统只能用作客户经纪业务，不能做自营业务，而且对订单的股数和频率也有限制。但是作为唯一的自动成交系统，它还是有许多吸引人的优点，所以吸引了头脑灵活的人利用这个系统做交易，再加上NASDAQ科技股开始流行，越来越多人发现利用SOES交易有利可图而加入进来，成为第一批当日交易者。这些当日交易公司开始在PC机上开发交易系统，这些交易系统比起前一代基于主机类（Mainframe）的系统速度更快、成本更低，很快这些公司的交易量占市场总量比直线上升，尤其在以新兴的科技股为主的NASDAQ市场上，成为了不可忽视的力量。
1995年开始，一般以网景公司（Netscape）上市算起，网络公司股票的暴涨，吸引了许多散户入市，日内交易也成为一个热门的行业。1997年SEC出台的订单处理规则（Order Handle Rule）催生了许多新的电子交易网络（ECN，在股票交易上的地位和传统的NYSE和NASDAQ一样），其中Island ECN 的速度、技术最好。ECN的产生对美国股市的交易结构产生巨大的影响，通过ECN小散户的订单第一次能在整个市场上显示出来，NYSE的场内做市商（Specialists）和NASDAQ市场的做市商（market maker）再也不能把散户的单子藏起来，不在整个市场上显示，不让他们得到最好的成交。一开始这些ECN的客户以当日交易员为主，ECN廉价的交易成本和快速的交易速度，再加上在交易最火的网络股上日渐增加的流通性，对交易量的增长产生了滚雪球效应，机构投资者也开始使用起ECN。这不仅对NYSE 和NASDAQ产生了很大的冲击，也对华尔街大行服务于机构投资者的业务产生冲击。NYSE和NASDAQ在短短几年中从市场垄断，到几乎半壁江山不保。在被逼无奈下，“不能击败你的敌人，那么就加入他们”。NASDAQ收购了Instinet公司（Instinet已收购了Island ECN）和BRUT ECN, 并采用了原来Island ECN 的交易平台作为主要平台；NYSE合并了ARCA ECN (ARCA之前合并了STRIKE ECN 和REDI)。虽然市场通道的并购重组，表面上又回到了NYSE 和NASDAQ 的双分天下，但其实整个市场的成交撮合方式已经脱胎换骨。而对曾经作为卖方市场的华尔街大行来说，ECN带来的低成本迫使他们原有这一块机构经纪业务必须要降低成本、提高效率和附加值。在这种背景下，算法交易开始流行起来。这些算法交易最早是模拟一个经验丰富的大额交易员（block trader）的交易行为。算法从开始时的简单、粗放，变得越来越聪明，功能也越来越复杂，越来越强大。瑞信银行的AES（Advanced Execution System）就是这种交易算法的佼佼者之一。
与此同时，原来的日内交易员（包括传统市场里的场内交易员）也在转型。由于网络股泡沫的破灭，以及小数报价的开始，造成买卖的价差减小，日内交易的盈利大不如前，大多数日内交易员和日内交易公司退出了这一行业。但也有一小部分日内交易公司留在了市场中，开始用计算机来实现他们的日内交易手法。他们最早的日内策略，基本上是用电脑做原来手工做的日内动能交易。一些类似于市场庄家的策略，在后来特别引起了他们的关注，主要原因不外乎这些策略风险小，所需资金不多。但这些策略的同质化严重，策略的逻辑算法大同小异。到最后，拼成本、拼速度成了这些策略盈利的主要区别点。为了抢到单子，许多公司开始了技术创新，突破了许多现有的技术框架。在速度方面，交易所的数据中心共享（co-location）主导了电脑外的加速；交易公司做的更多的是在电脑内的加速(可参考上期高频交易的技术和必要的设备）。此时，许多传统的大行和做市商也在市场的竞争中，运用算法高频交易策略取代了旧的做市方法，为市场提供了更多的流通性，让交易更加平滑，成本更加的低。现在，高频交易策略也从股票扩散到了期权、期货、货币等其他交易品种；交易市场也从美国延伸到了欧洲、亚洲乃至全球市场。
从长远看，高频交易并不是新生事物，而是交易电子化发展的必然结果。从二十年前的小单成交交易（SOES Trading）、日内交易（Day Trading）到DMA (Direct Market Access)技术被机构应用，再到算法交易、程序化交易以及现在美国盛行的高频交易（HFT），从技术上来讲都是一脉相传的，都是投资成本下降、效率提高过程的一部分。许多新生事物的出现会产生很多的争议和问题，就像当年的当日交易一样，现在的高频交易也不例外。2010年5月6日的闪电崩盘（Flash Crash），以及上周五（2012年3月23日）BATS公司股票（BATS是美国NYSE和NASDAQ外的第三大交易所，客户主要做高频交易）在自己交易平台上第一天上市交易，但最终因为闪电崩盘而被迫取消IPO。将来估计还会有类似的事情。最近有些交易所也陆续出台管理高频交易的规定。个人认为，高频交易只会越来越正常化和常态化。再过几年，大家可能都不会记得它曾经引起了这么多的关注。为了进行高频交易而产生和应用的技术，也会进一步被用在金融行业的其它领域，例如风险管理和产品定价，而且也会成为整个华尔街的一个普遍的技术。江山代有才人出，世界各地这么多的聪明人挤在华尔街，不停地竞争，在未来定会带给我们更多的创新和效率。
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